O narrador é Buscapé (Alexandre Rodrigues), um jovem negro (como a maioria do elenco) que acompanha o surgimento do bairro Cidade de Deus e sua rápida transformação em linha de montagem do tráfico de drogas. Seus amigos de pelada na rua também ganham nova projeção na hierarquia do crime, passando de ladrões pés-de-chinelo a traficantes e matadores.
Como tantos outros jovens brasileiros, Buscapé gostaria de mudar de vida mas não sabe como. Seu irmão, metido com ladrões, foi morto gratuitamente por uma criança com pouco mais de meio metro de altura, mas de uma crueldade gigantesca. Buscapé sonha em se tornar fotógrafo e conseguir dinheiro para o próprio sustento. Mas é difícil encontrar a porta de saída da favela.
A cena inicial mostra traficantes correndo freneticamente pela favela tentando capturar uma galinha que fugiu da panela. Além do efeito cômico e do suspense sobre o que está por vir, essa corrida serve de paradigma para o destino do próprio protagonista, sempre preocupado com sua sobrevivência. Meirelles volta ao passado e retorna ao presente diversas vezes para mostrar as mudanças na vida e na personalidade dos personagens principais.
Mesmo um honesto cobrador de ônibus pode se transformar num matador frio, desde que um estalar de dedos desencadeie essa mudança. Como ocorreu com Mané Galinha (Seu Jorge), personagem verídico, que se descontrolou quando o traficante Zé Pequeno (Leandro Firmino da Hora) estuprou sua mulher e matou seu irmão.
Cidade de Deus quer conversar principalmente com a platéia jovem e para isso conta com algumas doses de humor. Mas o roteiro de Braulio Mantovani conseguiu tirar da obra de Paulo Lins seu caldo mais grosso e forte, e por isso mesmo de difícil digestão.
Ao lado de O Invasor, de Beto Brant, Abril Despedaçado, de Walter Salles, e Latitude Zero, de Toni Venturi, Cidade de Deus tem lugar reservado na crítica como um dos melhores filmes brasileiros deste ano.
